长崎大学位于日本九州地区的最大港口城市，福冈以北，这座被世人誉为“日本九州明珠”的关西地带南侧，距离九州岛本土的关西核心圈北部约3000公里。其地理位置独特，地处福冈与长崎的中部地带，紧邻九州主要港口东湾，是一个兼具艰苦与惬意的过渡区域。作为亚洲第一大国立大学，长崎大学在地理上不仅居中，更处于交通枢纽的中心。
这种战略位置使其成为连接九州内部各局部的关键节点。其坐标精确测定，位于福冈县福冈市，具体方位介于长崎市南侧沿海地带与九州主体地区之间。
这种独特的地缘优势，使得其校园环境既能享受沿海的自然风光，又能接近内陆都市生活节奏。
该位置在学术研究与文化旅游中都具有极大的价值。